Ignore:
Timestamp:
Jun 20, 2018, 8:21:14 AM (7 years ago)
Author:
Frederik Heber <frederik.heber@…>
Branches:
Candidate_v1.6.1, ChemicalSpaceEvaluator, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion
Children:
0682c2
Parents:
06536b
git-author:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (06/15/18 20:08:26)
git-committer:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (06/20/18 08:21:14)
Message:

Capping BB update step at 0.2 and general BB stepwidth at maximum of 1.

  • TESTFIX: Python regression tests on ForceAnnealing for five carbon have been modified. With bondgraph results are not as good as before.
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • tests/Python/ForceAnnealing/post/five_carbon_test_bondgraph.data

    r06536b rbd19c1  
    1313C       5       12.4    10      10      0       0       0       -0.0140232      0       0       4       0       0       0       
    1414# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    15 C       1       5.97149 10      10      0       0       0       -0.0379738      0       0       2       0       0       0       
    16 C       2       7.49973 10      10      0       0       0       -0.0373017      0       0       1       3       0       0       
    17 C       3       8.95748 10      10      0       0       0       0.150588        0       0       2       4       0       0       
    18 C       4       10.6998 10      10      0       0       0       -0.0373705      0       0       3       5       0       0       
    19 C       5       12.3715 10      10      0       0       0       -0.037942       0       0       4       0       0       0       
     15C       1       6.0272  10      10      0       0       0       -0.0269616      0       0       2       0       0       0       
     16C       2       7.57625 10      10      0       0       0       -0.156181       0       0       1       3       0       0       
     17C       3       8.83016 10      10      0       0       0       0.33054 0       0       2       4       0       0       
     18C       4       10.7087 10      10      0       0       0       -0.117287       0       0       3       5       0       0       
     19C       5       12.3656 10      10      0       0       0       -0.0301102      0       0       4       0       0       0       
    2020# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    21 C       1       5.93924 10      10      0       0       0       -0.0255169      0       0       2       0       0       0       
    22 C       2       7.49102 10      10      0       0       0       -0.00179391     0       0       1       3       0       0       
    23 C       3       9.03941 10      10      0       0       0       0.054664        0       0       2       4       0       0       
    24 C       4       10.6911 10      10      0       0       0       -0.00189975     0       0       3       5       0       0       
    25 C       5       12.3392 10      10      0       0       0       -0.0254534      0       0       4       0       0       0       
     21C       1       6.04114 10      10      0       0       0       -0.00806995     0       0       2       0       0       0       
     22C       2       7.62589 10      10      0       0       0       -0.147588       0       0       1       3       0       0       
     23C       3       8.93174 10      10      0       0       0       0.225858        0       0       2       4       0       0       
     24C       4       10.6644 10      10      0       0       0       -0.0370742      0       0       3       5       0       0       
     25C       5       12.327  10      10      0       0       0       -0.0331265      0       0       4       0       0       0       
    2626# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    27 C       1       5.90802 10      10      0       0       0       -0.0043763      0       0       2       0       0       0       
    28 C       2       7.49975 10      10      0       0       0       -0.00381008     0       0       1       3       0       0       
    29 C       3       9.08428 10      10      0       0       0       0.0163992       0       0       2       4       0       0       
    30 C       4       10.6998 10      10      0       0       0       -0.00376774     0       0       3       5       0       0       
    31 C       5       12.3082 10      10      0       0       0       -0.00444509     0       0       4       0       0       0       
     27C       1       6.06597 10      10      0       0       0       -0.0332429      0       0       2       0       0       0       
     28C       2       7.60315 10      10      0       0       0       -0.0764926      0       0       1       3       0       0       
     29C       3       8.99578 10      10      0       0       0       0.129484        0       0       2       4       0       0       
     30C       4       10.6331 10      10      0       0       0       0.0122663       0       0       3       5       0       0       
     31C       5       12.2936 10      10      0       0       0       -0.0320152      0       0       4       0       0       0       
    3232# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    33 C       1       5.90803 10      10      0       0       0       -0.00860971     0       0       2       0       0       0       
    34 C       2       7.49176 10      10      0       0       0       0.013748        0       0       1       3       0       0       
    35 C       3       9.10147 10      10      0       0       0       -0.0107846      0       0       2       4       0       0       
    36 C       4       10.6908 10      10      0       0       0       0.0146953       0       0       3       5       0       0       
    37 C       5       12.3079 10      10      0       0       0       -0.00904893     0       0       4       0       0       0       
     33C       1       6.05977 10      10      0       0       0       -0.0256492      0       0       2       0       0       0       
     34C       2       7.6113  10      10      0       0       0       -0.0706293      0       0       1       3       0       0       
     35C       3       9.02936 10      10      0       0       0       0.0940242       0       0       2       4       0       0       
     36C       4       10.6251 10      10      0       0       0       0.0298773       0       0       3       5       0       0       
     37C       5       12.2773 10      10      0       0       0       -0.0276231      0       0       4       0       0       0       
    3838# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    39 C       1       5.90707 10      10      0       0       0       -0.00627604     0       0       2       0       0       0       
    40 C       2       7.49521 10      10      0       0       0       0.00658296      0       0       1       3       0       0       
    41 C       3       9.09579 10      10      0       0       0       -0.000672055    0       0       2       4       0       0       
    42 C       4       10.6951 10      10      0       0       0       0.00660942      0       0       3       5       0       0       
    43 C       5       12.3069 10      10      0       0       0       -0.00624429     0       0       4       0       0       0       
     39C       1       6.06029 10      10      0       0       0       -0.0336927      0       0       2       0       0       0       
     40C       2       7.59662 10      10      0       0       0       -0.0424771      0       0       1       3       0       0       
     41C       3       9.05268 10      10      0       0       0       0.0561775       0       0       2       4       0       0       
     42C       4       10.6149 10      10      0       0       0       0.044652        0       0       3       5       0       0       
     43C       5       12.2615 10      10      0       0       0       -0.0246597      0       0       4       0       0       0       
    4444# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    45 C       1       5.90506 10      10      0       0       0       -0.0041805      0       0       2       0       0       0       
    46 C       2       7.49716 10      10      0       0       0       0.00328619      0       0       1       3       0       0       
    47 C       3       9.09547 10      10      0       0       0       0.0018627       0       0       2       4       0       0       
    48 C       4       10.6973 10      10      0       0       0       0.00310627      0       0       3       5       0       0       
    49 C       5       12.305  10      10      0       0       0       -0.00407466     0       0       4       0       0       0       
     45C       1       6.06307 10      10      0       0       0       -0.0372594      0       0       2       0       0       0       
     46C       2       7.59266 10      10      0       0       0       -0.0322851      0       0       1       3       0       0       
     47C       3       9.06124 10      10      0       0       0       0.0483562       0       0       2       4       0       0       
     48C       4       10.6212 10      10      0       0       0       0.039339        0       0       3       5       0       0       
     49C       5       12.2555 10      10      0       0       0       -0.0181508      0       0       4       0       0       0       
    5050# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    51 C       1       5.90296 10      10      0       0       0       -0.00220138     0       0       2       0       0       0       
    52 C       2       7.4988  10      10      0       0       0       0.00074614      0       0       1       3       0       0       
    53 C       3       9.09605 10      10      0       0       0       0.00296339      0       0       2       4       0       0       
    54 C       4       10.6989 10      10      0       0       0       0.000820225     0       0       3       5       0       0       
    55 C       5       12.3033 10      10      0       0       0       -0.00232838     0       0       4       0       0       0       
     51C       1       6.05413 10      10      0       0       0       -0.0338621      0       0       2       0       0       0       
     52C       2       7.59014 10      10      0       0       0       -0.0262525      0       0       1       3       0       0       
     53C       3       9.07654 10      10      0       0       0       0.03718 0       0       2       4       0       0       
     54C       4       10.6332 10      10      0       0       0       0.0346294       0       0       3       5       0       0       
     55C       5       12.2553 10      10      0       0       0       -0.0116948      0       0       4       0       0       0       
    5656# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    57 C       1       5.90167 10      10      0       0       0       -0.00123827     0       0       2       0       0       0       
    58 C       2       7.49933 10      10      0       0       0       0.00026988      0       0       1       3       0       0       
    59 C       3       9.0975  10      10      0       0       0       0.00207967      0       0       2       4       0       0       
    60 C       4       10.6996 10      10      0       0       0       0.000158753     0       0       3       5       0       0       
    61 C       5       12.302  10      10      0       0       0       -0.00127003     0       0       4       0       0       0       
     57C       1       6.04174 10      10      0       0       0       -0.0298615      0       0       2       0       0       0       
     58C       2       7.58531 10      10      0       0       0       -0.0215798      0       0       1       3       0       0       
     59C       3       9.0881  10      10      0       0       0       0.0297451       0       0       2       4       0       0       
     60C       4       10.6471 10      10      0       0       0       0.0297927       0       0       3       5       0       0       
     61C       5       12.2624 10      10      0       0       0       -0.00809641     0       0       4       0       0       0       
    6262# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    63 C       1       5.90028 10      10      0       0       0       -0.00041805     0       0       2       0       0       0       
    64 C       2       7.49949 10      10      0       0       0       0.000719681     0       0       1       3       0       0       
    65 C       3       9.10006 10      10      0       0       0       -0.000545053    0       0       2       4       0       0       
    66 C       4       10.6996 10      10      0       0       0       0.000772599     0       0       3       5       0       0       
    67 C       5       12.3006 10      10      0       0       0       -0.000529177    0       0       4       0       0       0       
     63C       1       6.03225 10      10      0       0       0       -0.0288878      0       0       2       0       0       0       
     64C       2       7.57766 10      10      0       0       0       -0.0119753      0       0       1       3       0       0       
     65C       3       9.10044 10      10      0       0       0       0.0169231       0       0       2       4       0       0       
     66C       4       10.6552 10      10      0       0       0       0.0240987       0       0       3       5       0       0       
     67C       5       12.2555 10      10      0       0       0       -0.000158753    0       0       4       0       0       0       
    6868# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    69 C       1       5.90018 10      10      0       0       0       -0.000158753    0       0       2       0       0       0       
    70 C       2       7.49988 10      10      0       0       0       0.00014817      0       0       1       3       0       0       
    71 C       3       9.09986 10      10      0       0       0       -2.11671e-05    0       0       2       4       0       0       
    72 C       4       10.6998 10      10      0       0       0       0.000296339     0       0       3       5       0       0       
    73 C       5       12.3003 10      10      0       0       0       -0.000264589    0       0       4       0       0       0       
     69C       1       6.02128 10      10      0       0       0       -0.0257233      0       0       2       0       0       0       
     70C       2       7.57267 10      10      0       0       0       -0.00809641     0       0       1       3       0       0       
     71C       3       9.10876 10      10      0       0       0       0.0102396       0       0       2       4       0       0       
     72C       4       10.6642 10      10      0       0       0       0.0180238       0       0       3       5       0       0       
     73C       5       12.2537 10      10      0       0       0       0.00555636      0       0       4       0       0       0       
    7474# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    75 C       1       5.90014 10      10      0       0       0       -9.52519e-05    0       0       2       0       0       0       
    76 C       2       7.49996 10      10      0       0       0       4.7626e-05      0       0       1       3       0       0       
    77 C       3       9.09987 10      10      0       0       0       6.35013e-05     0       0       2       4       0       0       
    78 C       4       10.6999 10      10      0       0       0       0.000142878     0       0       3       5       0       0       
    79 C       5       12.3002 10      10      0       0       0       -0.000158753    0       0       4       0       0       0       
     75C       1       6.01067 10      10      0       0       0       -0.0232044      0       0       2       0       0       0       
     76C       2       7.56682 10      10      0       0       0       -0.00519652     0       0       1       3       0       0       
     77C       3       9.11315 10      10      0       0       0       0.00588445      0       0       2       4       0       0       
     78C       4       10.6706 10      10      0       0       0       0.013203        0       0       3       5       0       0       
     79C       5       12.253  10      10      0       0       0       0.00931352      0       0       4       0       0       0       
    8080# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    81 C       1       5.90011 10      10      0       0       0       -5.82095e-05    0       0       2       0       0       0       
    82 C       2       7.5     10      10      0       0       0       0       0       0       1       3       0       0       
    83 C       3       9.09989 10      10      0       0       0       0.000116419     0       0       2       4       0       0       
    84 C       4       10.7    10      10      0       0       0       -5.29177e-06    0       0       3       5       0       0       
    85 C       5       12.3001 10      10      0       0       0       -5.29177e-05    0       0       4       0       0       0       
     81C       1       6.00041 10      10      0       0       0       -0.0206961      0       0       2       0       0       0       
     82C       2       7.5613  10      10      0       0       0       -0.00374128     0       0       1       3       0       0       
     83C       3       9.11512 10      10      0       0       0       0.00320681      0       0       2       4       0       0       
     84C       4       10.675  10      10      0       0       0       0.00937702      0       0       3       5       0       0       
     85C       5       12.2526 10      10      0       0       0       0.0118536       0       0       4       0       0       0       
    8686# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    87 C       1       5.90008 10      10      0       0       0       -4.23342e-05    0       0       2       0       0       0       
    88 C       2       7.5     10      10      0       0       0       5.29177e-06     0       0       1       3       0       0       
    89 C       3       9.09993 10      10      0       0       0       7.40848e-05     0       0       2       4       0       0       
    90 C       4       10.7    10      10      0       0       0       -3.70424e-05    0       0       3       5       0       0       
    91 C       5       12.3    10      10      0       0       0       1.35525e-21     0       0       4       0       0       0       
     87C       1       5.99076 10      10      0       0       0       -0.0184524      0       0       2       0       0       0       
     88C       2       7.55589 10      10      0       0       0       -0.00304806     0       0       1       3       0       0       
     89C       3       9.11526 10      10      0       0       0       0.00204792      0       0       2       4       0       0       
     90C       4       10.6785 10      10      0       0       0       0.00574686      0       0       3       5       0       0       
     91C       5       12.2526 10      10      0       0       0       0.0137057       0       0       4       0       0       0       
    9292# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    93 C       1       5.90004 10      10      0       0       0       0       0       0       2       0       0       0       
    94 C       2       7.50001 10      10      0       0       0       0       0       0       1       3       0       0       
    95 C       3       9.09999 10      10      0       0       0       0       0       0       2       4       0       0       
    96 C       4       10.6999 10      10      0       0       0       0       0       0       3       5       0       0       
    97 C       5       12.3    10      10      0       0       0       0       0       0       4       0       0       0       
     93C       1       5.98163 10      10      0       0       0       -0.0166426      0       0       2       0       0       0       
     94C       2       7.55018 10      10      0       0       0       -0.00277289     0       0       1       3       0       0       
     95C       3       9.11349 10      10      0       0       0       0.0014817       0       0       2       4       0       0       
     96C       4       10.6796 10      10      0       0       0       0.00327561      0       0       3       5       0       0       
     97C       5       12.2519 10      10      0       0       0       0.0146582       0       0       4       0       0       0       
     98# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     99C       1       5.97375 10      10      0       0       0       -0.0148328      0       0       2       0       0       0       
     100C       2       7.54572 10      10      0       0       0       -0.00236542     0       0       1       3       0       0       
     101C       3       9.11322 10      10      0       0       0       0.000624429     0       0       2       4       0       0       
     102C       4       10.6819 10      10      0       0       0       0.00345024      0       0       3       5       0       0       
     103C       5       12.2571 10      10      0       0       0       0.0131236       0       0       4       0       0       0       
     104# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     105C       1       5.96682 10      10      0       0       0       -0.0131448      0       0       2       0       0       0       
     106C       2       7.54198 10      10      0       0       0       -0.001995       0       0       1       3       0       0       
     107C       3       9.11337 10      10      0       0       0       0.000550344     0       0       2       4       0       0       
     108C       4       10.6858 10      10      0       0       0       0.00263001      0       0       3       5       0       0       
     109C       5       12.2632 10      10      0       0       0       0.0119594       0       0       4       0       0       0       
     110# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     111C       1       5.96072 10      10      0       0       0       -0.0116049      0       0       2       0       0       0       
     112C       2       7.53879 10      10      0       0       0       -0.00168808     0       0       1       3       0       0       
     113C       3       9.11367 10      10      0       0       0       0.000343965     0       0       2       4       0       0       
     114C       4       10.6892 10      10      0       0       0       0.00210083      0       0       3       5       0       0       
     115C       5       12.2687 10      10      0       0       0       0.0108481       0       0       4       0       0       0       
     116# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     117C       1       5.95531 10      10      0       0       0       -0.0102343      0       0       2       0       0       0       
     118C       2       7.53597 10      10      0       0       0       -0.00147111     0       0       1       3       0       0       
     119C       3       9.11385 10      10      0       0       0       0.000195796     0       0       2       4       0       0       
     120C       4       10.6921 10      10      0       0       0       0.00182566      0       0       3       5       0       0       
     121C       5       12.2738 10      10      0       0       0       0.00968394      0       0       4       0       0       0       
     122# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     123C       1       5.95052 10      10      0       0       0       -0.00902776     0       0       2       0       0       0       
     124C       2       7.53346 10      10      0       0       0       -0.0012859      0       0       1       3       0       0       
     125C       3       9.11397 10      10      0       0       0       0.000116419     0       0       2       4       0       0       
     126C       4       10.6947 10      10      0       0       0       0.00151874      0       0       3       5       0       0       
     127C       5       12.2783 10      10      0       0       0       0.00867851      0       0       4       0       0       0       
     128# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     129C       1       5.94629 10      10      0       0       0       -0.00796941     0       0       2       0       0       0       
     130C       2       7.53123 10      10      0       0       0       -0.00112715     0       0       1       3       0       0       
     131C       3       9.11404 10      10      0       0       0       7.93766e-05     0       0       2       4       0       0       
     132C       4       10.697  10      10      0       0       0       0.00129119      0       0       3       5       0       0       
     133C       5       12.2824 10      10      0       0       0       0.00772599      0       0       4       0       0       0       
     134# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     135C       1       5.94255 10      10      0       0       0       -0.00703277     0       0       2       0       0       0       
     136C       2       7.52926 10      10      0       0       0       -0.000989561    0       0       1       3       0       0       
     137C       3       9.1141  10      10      0       0       0       3.17506e-05     0       0       2       4       0       0       
     138C       4       10.699  10      10      0       0       0       0.00111127      0       0       3       5       0       0       
     139C       5       12.286  10      10      0       0       0       0.0068793       0       0       4       0       0       0       
     140# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     141C       1       5.93925 10      10      0       0       0       -0.00620725     0       0       2       0       0       0       
     142C       2       7.52752 10      10      0       0       0       -0.000883726    0       0       1       3       0       0       
     143C       3       9.11412 10      10      0       0       0       4.23342e-05     0       0       2       4       0       0       
     144C       4       10.7008 10      10      0       0       0       0.000963103     0       0       3       5       0       0       
     145C       5       12.2893 10      10      0       0       0       0.00608554      0       0       4       0       0       0       
     146# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     147C       1       5.93633 10      10      0       0       0       -0.00547698     0       0       2       0       0       0       
     148C       2       7.52598 10      10      0       0       0       -0.000783182    0       0       1       3       0       0       
     149C       3       9.11415 10      10      0       0       0       4.23342e-05     0       0       2       4       0       0       
     150C       4       10.7024 10      10      0       0       0       0.000767307     0       0       3       5       0       0       
     151C       5       12.2921 10      10      0       0       0       0.00545053      0       0       4       0       0       0       
     152# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     153C       1       5.93375 10      10      0       0       0       -0.00484197     0       0       2       0       0       0       
     154C       2       7.5246  10      10      0       0       0       -0.000693222    0       0       1       3       0       0       
     155C       3       9.11414 10      10      0       0       0       1.05835e-05     0       0       2       4       0       0       
     156C       4       10.7037 10      10      0       0       0       0.000762015     0       0       3       5       0       0       
     157C       5       12.2947 10      10      0       0       0       0.0047626       0       0       4       0       0       0       
     158# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     159C       1       5.93147 10      10      0       0       0       -0.00427575     0       0       2       0       0       0       
     160C       2       7.52339 10      10      0       0       0       -0.000613846    0       0       1       3       0       0       
     161C       3       9.11415 10      10      0       0       0       -5.29177e-06    0       0       2       4       0       0       
     162C       4       10.7049 10      10      0       0       0       0.000661472     0       0       3       5       0       0       
     163C       5       12.2969 10      10      0       0       0       0.00423342      0       0       4       0       0       0       
     164# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     165C       1       5.92946 10      10      0       0       0       -0.00377833     0       0       2       0       0       0       
     166C       2       7.52232 10      10      0       0       0       -0.000539761    0       0       1       3       0       0       
     167C       3       9.11416 10      10      0       0       0       -8.67362e-20    0       0       2       4       0       0       
     168C       4       10.706  10      10      0       0       0       0.000560928     0       0       3       5       0       0       
     169C       5       12.2989 10      10      0       0       0       0.00375716      0       0       4       0       0       0       
     170# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     171C       1       5.92768 10      10      0       0       0       -0.00333911     0       0       2       0       0       0       
     172C       2       7.52137 10      10      0       0       0       -0.00047626     0       0       1       3       0       0       
     173C       3       9.11416 10      10      0       0       0       2.64589e-05     0       0       2       4       0       0       
     174C       4       10.707  10      10      0       0       0       0.000455092     0       0       3       5       0       0       
     175C       5       12.3007 10      10      0       0       0       0.00333382      0       0       4       0       0       0       
     176# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     177C       1       5.92611 10      10      0       0       0       -0.00295281     0       0       2       0       0       0       
     178C       2       7.52053 10      10      0       0       0       -0.00041805     0       0       1       3       0       0       
     179C       3       9.11416 10      10      0       0       0       5.29177e-06     0       0       2       4       0       0       
     180C       4       10.7078 10      10      0       0       0       0.000455092     0       0       3       5       0       0       
     181C       5       12.3023 10      10      0       0       0       0.00291047      0       0       4       0       0       0       
     182# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
     183C       1       5.92469 10      10      0       0       0       0       0       0       2       0       0       0       
     184C       2       7.51974 10      10      0       0       0       0       0       0       1       3       0       0       
     185C       3       9.11405 10      10      0       0       0       0       0       0       2       4       0       0       
     186C       4       10.7083 10      10      0       0       0       0       0       0       3       5       0       0       
     187C       5       12.3036 10      10      0       0       0       0       0       0       4       0       0       0       
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.