Ignore:
Timestamp:
Apr 10, 2018, 6:43:31 AM (7 years ago)
Author:
Frederik Heber <frederik.heber@…>
Branches:
AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.6.1, ChemicalSpaceEvaluator, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, Gui_displays_atomic_force_velocity, PythonUI_with_named_parameters, StoppableMakroAction, TremoloParser_IncreasedPrecision
Children:
6a5921, 897a01
Parents:
90ece9
git-author:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (08/03/17 09:24:07)
git-committer:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (04/10/18 06:43:31)
Message:

ForceAnnealing functions now have better readable time step variables.

  • _TimeStep is the parameter, Old.. and CurrentTimeStep designate the two reference time steps for calculating step width.
  • Split functions into simple step width and using BB step width.
  • TESTFIX: Removed XFAIL from all Python ForceAnnealing tests.
  • TESTFIX: 5-body annealing without bond graph has slightly changed but quality of results is the same.
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • tests/Python/ForceAnnealing/post/five_carbon_test_no-bondgraph.data

    r90ece9 r8450da  
    3131C       5       12.3868 10      10      0       0       0       0.0975274       0       0       4       0       0       0       
    3232# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    33 C       1       5.99167 10      10      0       0       0       -0.0302901      0       0       2       0       0       0       
    34 C       2       7.53443 10      10      0       0       0       0.0621625       0       0       1       3       0       0       
     33C       1       5.99318 10      10      0       0       0       -0.0310892      0       0       2       0       0       0       
     34C       2       7.53443 10      10      0       0       0       0.0629615       0       0       1       3       0       0       
    3535C       3       9.19466 10      10      0       0       0       -0.0637606      0       0       2       4       0       0       
    36 C       4       10.7344 10      10      0       0       0       0.0622101       0       0       3       5       0       0       
    37 C       5       12.3917 10      10      0       0       0       -0.0303219      0       0       4       0       0       0       
     36C       4       10.7344 10      10      0       0       0       0.0630038       0       0       3       5       0       0       
     37C       5       12.3932 10      10      0       0       0       -0.0311156      0       0       4       0       0       0       
    3838# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    39 C       1       5.99092 10      10      0       0       0       -0.00303219     0       0       2       0       0       0       
    40 C       2       7.58519 10      10      0       0       0       0.000820225     0       0       1       3       0       0       
    41 C       3       9.18101 10      10      0       0       0       0.00442921      0       0       2       4       0       0       
    42 C       4       10.7852 10      10      0       0       0       0.000799058     0       0       3       5       0       0       
    43 C       5       12.3909 10      10      0       0       0       -0.00301631     0       0       4       0       0       0       
     39C       1       5.99164 10      10      0       0       0       -0.00314331     0       0       2       0       0       0       
     40C       2       7.5857  10      10      0       0       0       0.000661472     0       0       1       3       0       0       
     41C       3       9.18101 10      10      0       0       0       0.00496368      0       0       2       4       0       0       
     42C       4       10.7857 10      10      0       0       0       0.000640304     0       0       3       5       0       0       
     43C       5       12.3916 10      10      0       0       0       -0.00312215     0       0       4       0       0       0       
    4444# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    45 C       1       5.99083 10      10      0       0       0       -0.00263001     0       0       2       0       0       0       
    46 C       2       7.58586 10      10      0       0       0       8.99601e-05     0       0       1       3       0       0       
    47 C       3       9.18106 10      10      0       0       0       0.00510127      0       0       2       4       0       0       
    48 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       3.17506e-05     0       0       3       5       0       0       
    49 C       5       12.3908 10      10      0       0       0       -0.00259297     0       0       4       0       0       0       
     45C       1       5.99146 10      10      0       0       0       -0.00276231     0       0       2       0       0       0       
     46C       2       7.58624 10      10      0       0       0       0.000513302     0       0       1       3       0       0       
     47C       3       9.18199 10      10      0       0       0       0.00447684      0       0       2       4       0       0       
     48C       4       10.7862 10      10      0       0       0       0.000576803     0       0       3       5       0       0       
     49C       5       12.3915 10      10      0       0       0       -0.00280464     0       0       4       0       0       0       
    5050# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    51 C       1       5.99028 10      10      0       0       0       -0.00229134     0       0       2       0       0       0       
    52 C       2       7.58595 10      10      0       0       0       -7.40848e-05    0       0       1       3       0       0       
    53 C       3       9.18148 10      10      0       0       0       0.00470439      0       0       2       4       0       0       
    54 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       -1.05835e-05    0       0       3       5       0       0       
    55 C       5       12.3903 10      10      0       0       0       -0.00232838     0       0       4       0       0       0       
     51C       1       5.99021 10      10      0       0       0       -0.00110069     0       0       2       0       0       0       
     52C       2       7.58813 10      10      0       0       0       0.00265118      0       0       1       3       0       0       
     53C       3       9.19106 10      10      0       0       0       -0.00158224     0       0       2       4       0       0       
     54C       4       10.791  10      10      0       0       0       -0.000497427    0       0       3       5       0       0       
     55C       5       12.39   10      10      0       0       0       0.000529177     0       0       4       0       0       0       
    5656# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    57 C       1       5.98655 10      10      0       0       0       -0.000317506    0       0       2       0       0       0       
    58 C       2       7.58595 10      10      0       0       0       0.000587387     0       0       1       3       0       0       
    59 C       3       9.18646 10      10      0       0       0       -0.00056622     0       0       2       4       0       0       
    60 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       0.000243422     0       0       3       5       0       0       
    61 C       5       12.3858 10      10      0       0       0       5.29177e-05     0       0       4       0       0       0       
     57C       1       5.98937 10      10      0       0       0       0.000582095     0       0       2       0       0       0       
     58C       2       7.59047 10      10      0       0       0       -0.00152403     0       0       1       3       0       0       
     59C       3       9.18869 10      10      0       0       0       0.00100015      0       0       2       4       0       0       
     60C       4       10.7888 10      10      0       0       0       0.000682639     0       0       3       5       0       0       
     61C       5       12.3902 10      10      0       0       0       -0.000740848    0       0       4       0       0       0       
    6262# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    63 C       1       5.98596 10      10      0       0       0       -5.29177e-06    0       0       2       0       0       0       
    64 C       2       7.58595 10      10      0       0       0       0.000275172     0       0       1       3       0       0       
    65 C       3       9.18646 10      10      0       0       0       -0.00056622     0       0       2       4       0       0       
    66 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       0.000243422     0       0       3       5       0       0       
    67 C       5       12.3858 10      10      0       0       0       5.29177e-05     0       0       4       0       0       0       
     63C       1       5.98966 10      10      0       0       0       -2.64589e-05    0       0       2       0       0       0       
     64C       2       7.58961 10      10      0       0       0       2.64589e-05     0       0       1       3       0       0       
     65C       3       9.18961 10      10      0       0       0       0.000259297     0       0       2       4       0       0       
     66C       4       10.7901 10      10      0       0       0       -0.000259297    0       0       3       5       0       0       
     67C       5       12.3901 10      10      0       0       0       0       0       0       4       0       0       0       
    6868# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    69 C       1       5.98595 10      10      0       0       0       -9.48677e-21    0       0       2       0       0       0       
    70 C       2       7.58595 10      10      0       0       0       0.00026988      0       0       1       3       0       0       
    71 C       3       9.18646 10      10      0       0       0       -0.00056622     0       0       2       4       0       0       
    72 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       0.000243422     0       0       3       5       0       0       
    73 C       5       12.3858 10      10      0       0       0       5.29177e-05     0       0       4       0       0       0       
     69C       1       5.98965 10      10      0       0       0       -1.05835e-05    0       0       2       0       0       0       
     70C       2       7.58963 10      10      0       0       0       0.000169337     0       0       1       3       0       0       
     71C       3       9.18993 10      10      0       0       0       -0.000280464    0       0       2       4       0       0       
     72C       4       10.7897 10      10      0       0       0       0.000333382     0       0       3       5       0       0       
     73C       5       12.3901 10      10      0       0       0       -0.000211671    0       0       4       0       0       0       
    7474# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    75 C       1       5.98595 10      10      0       0       0       4.23342e-05     0       0       2       0       0       0       
    76 C       2       7.58603 10      10      0       0       0       0.000185212     0       0       1       3       0       0       
    77 C       3       9.18646 10      10      0       0       0       -0.000523885    0       0       2       4       0       0       
    78 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       0.000243422     0       0       3       5       0       0       
    79 C       5       12.3858 10      10      0       0       0       5.29177e-05     0       0       4       0       0       0       
     75C       1       5.98964 10      10      0       0       0       1.35525e-21     0       0       2       0       0       0       
     76C       2       7.58964 10      10      0       0       0       6.35013e-05     0       0       1       3       0       0       
     77C       3       9.18976 10      10      0       0       0       1.05835e-05     0       0       2       4       0       0       
     78C       4       10.7899 10      10      0       0       0       -2.11671e-05    0       0       3       5       0       0       
     79C       5       12.39   10      10      0       0       0       -5.29177e-05    0       0       4       0       0       0       
    8080# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    81 C       1       5.98595 10      10      0       0       0       0.000137586     0       0       2       0       0       0       
    82 C       2       7.58621 10      10      0       0       0       -1.58753e-05    0       0       1       3       0       0       
    83 C       3       9.18644 10      10      0       0       0       -0.000407466    0       0       2       4       0       0       
    84 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       0.000232838     0       0       3       5       0       0       
    85 C       5       12.3858 10      10      0       0       0       5.29177e-05     0       0       4       0       0       0       
     81C       1       5.98964 10      10      0       0       0       5.29177e-06     0       0       2       0       0       0       
     82C       2       7.58965 10      10      0       0       0       5.82095e-05     0       0       1       3       0       0       
     83C       3       9.18977 10      10      0       0       0       5.29177e-06     0       0       2       4       0       0       
     84C       4       10.7899 10      10      0       0       0       -1.58753e-05    0       0       3       5       0       0       
     85C       5       12.39   10      10      0       0       0       -5.29177e-05    0       0       4       0       0       0       
    8686# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    87 C       1       5.98595 10      10      0       0       0       0.000137586     0       0       2       0       0       0       
    88 C       2       7.58621 10      10      0       0       0       -5.82095e-05    0       0       1       3       0       0       
    89 C       3       9.18636 10      10      0       0       0       -0.000322798    0       0       2       4       0       0       
    90 C       4       10.7859 10      10      0       0       0       0.000190504     0       0       3       5       0       0       
    91 C       5       12.3858 10      10      0       0       0       5.29177e-05     0       0       4       0       0       0       
     87C       1       5.98964 10      10      0       0       0       6.8793e-05      0       0       2       0       0       0       
     88C       2       7.58977 10      10      0       0       0       -6.8793e-05     0       0       1       3       0       0       
     89C       3       9.18977 10      10      0       0       0       6.8793e-05      0       0       2       4       0       0       
     90C       4       10.7899 10      10      0       0       0       -1.58753e-05    0       0       3       5       0       0       
     91C       5       12.39   10      10      0       0       0       -5.29177e-05    0       0       4       0       0       0       
    9292# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    93 C       1       5.98595 10      10      0       0       0       0       0       0       2       0       0       0       
    94 C       2       7.58621 10      10      0       0       0       0       0       0       1       3       0       0       
    95 C       3       9.18607 10      10      0       0       0       0       0       0       2       4       0       0       
    96 C       4       10.786  10      10      0       0       0       0       0       0       3       5       0       0       
    97 C       5       12.3858 10      10      0       0       0       0       0       0       4       0       0       0       
     93C       1       5.98964 10      10      0       0       0       0       0       0       2       0       0       0       
     94C       2       7.58971 10      10      0       0       0       0       0       0       1       3       0       0       
     95C       3       9.18978 10      10      0       0       0       0       0       0       2       4       0       0       
     96C       4       10.7899 10      10      0       0       0       0       0       0       3       5       0       0       
     97C       5       12.39   10      10      0       0       0       0       0       0       4       0       0       0       
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.