Ignore:
Timestamp:
Feb 24, 2013, 1:00:40 PM (12 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
6cfb355
Parents:
0cd225
git-author:
Frederik Heber <heber@…> (02/23/13 15:38:10)
git-committer:
Frederik Heber <heber@…> (02/24/13 13:00:40)
Message:

FIX: triangleintersectionlist suffered numerical instabilities.

  • if the closest point on a surface to a point is at the edge of a triangle, there will be two "closest" triangles. However, numerical rounding may cause one of them to have a slightly different distance. In case of a very sharp angle, we end up with only one negative SKP and a point presumed to be inside that is actually outside, of the other triangle, with positive SKP, would have been found at the same distance.
  • TriangleIntersectionList::FillDistanceList() and ::FindClosestBoundaryPointsToVector() now round distance to six digit precision.
  • TESTFIX: replaced solved_double_sles.data in regression test Filling/ RegularGrid, also now find 367 instead of 366 predicates to be true.
Location:
tests/regression/Filling/RegularGrid
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • tests/regression/Filling/RegularGrid/post/solved_double_sles.data

    r0cd225 rc29c0a  
    117111711169    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 20.5452 HW      1168    0       0       0       0.417   
    117211721170    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 19.5372 HW      1168    0       0       0       0.417   
    1173 1171    OW      TIP3    0       12.7791 16.9884 26.2077 OW      1172    1173    0       0       -0.834 
    1174 1172    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 26.7117 HW      1171    0       0       0       0.417   
    1175 1173    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 25.7037 HW      1171    0       0       0       0.417   
    1176 1174    OW      TIP3    0       12.7791 16.9884 29.291  OW      1175    1176    0       0       -0.834 
    1177 1175    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 29.795  HW      1174    0       0       0       0.417   
    1178 1176    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 28.787  HW      1174    0       0       0       0.417   
    1179 1177    OW      TIP3    0       12.7791 16.9884 32.3743 OW      1178    1179    0       0       -0.834 
    1180 1178    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 32.8783 HW      1177    0       0       0       0.417   
    1181 1179    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 31.8703 HW      1177    0       0       0       0.417   
    1182 1180    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 1.54163 OW      1181    1182    0       0       -0.834 
    1183 1181    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 2.04563 HW      1180    0       0       0       0.417   
    1184 1182    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 1.03763 HW      1180    0       0       0       0.417   
    1185 1183    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 4.6249  OW      1184    1185    0       0       -0.834 
    1186 1184    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 5.1289  HW      1183    0       0       0       0.417   
    1187 1185    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 4.1209  HW      1183    0       0       0       0.417   
    1188 1186    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 7.70816 OW      1187    1188    0       0       -0.834 
    1189 1187    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 8.21216 HW      1186    0       0       0       0.417   
    1190 1188    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 7.20416 HW      1186    0       0       0       0.417   
    1191 1189    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 10.7914 OW      1190    1191    0       0       -0.834 
    1192 1190    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 11.2954 HW      1189    0       0       0       0.417   
    1193 1191    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 10.2874 HW      1189    0       0       0       0.417   
    1194 1192    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 13.8747 OW      1193    1194    0       0       -0.834 
    1195 1193    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 14.3787 HW      1192    0       0       0       0.417   
    1196 1194    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 13.3707 HW      1192    0       0       0       0.417   
    1197 1195    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 16.958  OW      1196    1197    0       0       -0.834 
    1198 1196    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 17.4619 HW      1195    0       0       0       0.417   
    1199 1197    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 16.454  HW      1195    0       0       0       0.417   
    1200 1198    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 20.0412 OW      1199    1200    0       0       -0.834 
    1201 1199    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 20.5452 HW      1198    0       0       0       0.417   
    1202 1200    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 19.5372 HW      1198    0       0       0       0.417   
    1203 1201    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 23.1245 OW      1202    1203    0       0       -0.834 
    1204 1202    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 23.6285 HW      1201    0       0       0       0.417   
    1205 1203    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 22.6205 HW      1201    0       0       0       0.417   
    1206 1204    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 26.2077 OW      1205    1206    0       0       -0.834 
    1207 1205    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 26.7117 HW      1204    0       0       0       0.417   
    1208 1206    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 25.7037 HW      1204    0       0       0       0.417   
    1209 1207    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 29.291  OW      1208    1209    0       0       -0.834 
    1210 1208    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 29.795  HW      1207    0       0       0       0.417   
    1211 1209    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 28.787  HW      1207    0       0       0       0.417   
    1212 1210    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 32.3743 OW      1211    1212    0       0       -0.834 
    1213 1211    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 32.8783 HW      1210    0       0       0       0.417   
    1214 1212    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 31.8703 HW      1210    0       0       0       0.417   
     11731171    OW      TIP3    0       12.7791 16.9884 23.1245 OW      1172    1173    0       0       -0.834 
     11741172    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 23.6285 HW      1171    0       0       0       0.417   
     11751173    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 22.6205 HW      1171    0       0       0       0.417   
     11761174    OW      TIP3    0       12.7791 16.9884 26.2077 OW      1175    1176    0       0       -0.834 
     11771175    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 26.7117 HW      1174    0       0       0       0.417   
     11781176    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 25.7037 HW      1174    0       0       0       0.417   
     11791177    OW      TIP3    0       12.7791 16.9884 29.291  OW      1178    1179    0       0       -0.834 
     11801178    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 29.795  HW      1177    0       0       0       0.417   
     11811179    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 28.787  HW      1177    0       0       0       0.417   
     11821180    OW      TIP3    0       12.7791 16.9884 32.3743 OW      1181    1182    0       0       -0.834 
     11831181    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 32.8783 HW      1180    0       0       0       0.417   
     11841182    HW      TIP3    0       13.5381 16.9884 31.8703 HW      1180    0       0       0       0.417   
     11851183    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 1.54163 OW      1184    1185    0       0       -0.834 
     11861184    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 2.04563 HW      1183    0       0       0       0.417   
     11871185    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 1.03763 HW      1183    0       0       0       0.417   
     11881186    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 4.6249  OW      1187    1188    0       0       -0.834 
     11891187    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 5.1289  HW      1186    0       0       0       0.417   
     11901188    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 4.1209  HW      1186    0       0       0       0.417   
     11911189    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 7.70816 OW      1190    1191    0       0       -0.834 
     11921190    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 8.21216 HW      1189    0       0       0       0.417   
     11931191    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 7.20416 HW      1189    0       0       0       0.417   
     11941192    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 10.7914 OW      1193    1194    0       0       -0.834 
     11951193    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 11.2954 HW      1192    0       0       0       0.417   
     11961194    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 10.2874 HW      1192    0       0       0       0.417   
     11971195    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 13.8747 OW      1196    1197    0       0       -0.834 
     11981196    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 14.3787 HW      1195    0       0       0       0.417   
     11991197    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 13.3707 HW      1195    0       0       0       0.417   
     12001198    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 16.958  OW      1199    1200    0       0       -0.834 
     12011199    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 17.4619 HW      1198    0       0       0       0.417   
     12021200    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 16.454  HW      1198    0       0       0       0.417   
     12031201    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 20.0412 OW      1202    1203    0       0       -0.834 
     12041202    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 20.5452 HW      1201    0       0       0       0.417   
     12051203    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 19.5372 HW      1201    0       0       0       0.417   
     12061204    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 23.1245 OW      1205    1206    0       0       -0.834 
     12071205    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 23.6285 HW      1204    0       0       0       0.417   
     12081206    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 22.6205 HW      1204    0       0       0       0.417   
     12091207    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 26.2077 OW      1208    1209    0       0       -0.834 
     12101208    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 26.7117 HW      1207    0       0       0       0.417   
     12111209    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 25.7037 HW      1207    0       0       0       0.417   
     12121210    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 29.291  OW      1211    1212    0       0       -0.834 
     12131211    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 29.795  HW      1210    0       0       0       0.417   
     12141212    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 28.787  HW      1210    0       0       0       0.417   
     12151213    OW      TIP3    0       12.7791 20.0772 32.3743 OW      1214    1215    0       0       -0.834 
     12161214    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 32.8783 HW      1213    0       0       0       0.417   
     12171215    HW      TIP3    0       13.5381 20.0772 31.8703 HW      1213    0       0       0       0.417   

  • tests/regression/Filling/RegularGrid/testsuite-molecules-fill-regular-grid-with-surface.at

    r0cd225 rc29c0a  
    3636AT_CHECK([chmod u+w $file], 0)
    3737AT_CHECK([../../molecuilder --parse-tremolo-potentials ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Filling/RegularGrid/pre/sles.potentials -i $file --select-all-atoms -B "14.199,0,21.6216,0,0,33.9159" --load ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Filling/RegularGrid/pre/water.data --select-molecule-by-order -1 --fill-regular-grid --mesh-size 5 7 11 --mesh-offset "0.5,0.5,0.5" --tesselation-radius 10 --min-distance .5], 0, [stdout], [stderr])
    38 AT_CHECK([grep "366 out of 385 returned true from predicate" stdout], 0, [ignore], [ignore])
     38AT_CHECK([grep "367 out of 385 returned true from predicate" stdout], 0, [ignore], [ignore])
    3939AT_CHECK([diff -I '.*Created by molecuilder.*' $file ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Filling/RegularGrid/post/$file], 0, [ignore], [ignore])
    4040
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.