Changeset 7daf73 for tests


Ignore:
Timestamp:
Feb 9, 2016, 7:11:37 AM (9 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
45b45d
Parents:
87cadb
git-author:
Frederik Heber <heber@…> (02/08/16 15:07:21)
git-committer:
Frederik Heber <heber@…> (02/09/16 07:11:37)
Message:

LinkedCell's LinkedList is now a vector and no longer a set.

  • this was causing conflicts in tests as the order of the atoms/TesselPoints in the LinkedList returned by getAllNeighbors() would depend on the order in memory and not on the geometrical ordering or on the ids.
  • TESTFIX: needed to replace use of insert() in (unit)tests by push_back. But all in all only Molecules Removal regression test's pdb file is affected.
Location:
tests/regression/Molecules/Remove/post
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • tests/regression/Molecules/Remove/post/id0_2_missing.pdb

    r87cadb r7daf73  
    1 REMARK created by molecuilder on Fri Dec 12 18:59:48 2014, time step 0
     1REMARK created by molecuilder on Mon Feb  8 16:15:23 2016, time step 0
    22ATOM      1 O01 0non 01          1.590   2.000   6.000  0.00  0.00           O 0
    33ATOM      2 H01 0non 01          2.205   2.000   6.774  0.00  0.00           H 0
    … …  
    1818ATOM     17 H01 0non 06          6.205   6.000   6.774  0.00  0.00           H 0
    1919ATOM     18 H02 0non 06          6.205   6.000   5.226  0.00  0.00           H 0
    20 CONECT    1    2    3                                                           
     20CONECT    1    3    2                                                           
    2121CONECT    2    1                                                               
    2222CONECT    3    1                                                               
    23 CONECT    4    5    6                                                           
     23CONECT    4    6    5                                                           
    2424CONECT    5    4                                                               
    2525CONECT    6    4                                                               
    26 CONECT    7    8    9                                                           
     26CONECT    7    9    8                                                           
    2727CONECT    8    7                                                               
    2828CONECT    9    7                                                               
    29 CONECT   10   11   12                                                           
     29CONECT   10   12   11                                                           
    3030CONECT   11   10                                                               
    3131CONECT   12   10                                                               
    32 CONECT   13   14   15                                                           
     32CONECT   13   15   14                                                           
    3333CONECT   14   13                                                               
    3434CONECT   15   13                                                               
    35 CONECT   16   17   18                                                           
     35CONECT   16   18   17                                                           
    3636CONECT   17   16                                                               
    3737CONECT   18   16                                                               

  • tests/regression/Molecules/Remove/post/water_box.pdb

    r87cadb r7daf73  
    1 REMARK created by molecuilder on Tue Feb 10 10:29:29 2015, time step 0
     1REMARK created by molecuilder on Mon Feb  8 16:15:26 2016, time step 0
    22ATOM      1 O01 0non 01          1.590   2.000   2.000  0.00  0.00           O 0
    33ATOM      2 H01 0non 01          2.205   2.000   2.774  0.00  0.00           H 0
    … …  
    2727CONECT    2    1                                                               
    2828CONECT    3    1                                                               
    29 CONECT    4    5    6                                                           
     29CONECT    4    6    5                                                           
    3030CONECT    5    4                                                               
    3131CONECT    6    4                                                               
    … …  
    3333CONECT    8    7                                                               
    3434CONECT    9    7                                                               
    35 CONECT   10   11   12                                                           
     35CONECT   10   12   11                                                           
    3636CONECT   11   10                                                               
    3737CONECT   12   10                                                               
    38 CONECT   13   14   15                                                           
     38CONECT   13   15   14                                                           
    3939CONECT   14   13                                                               
    4040CONECT   15   13                                                               
    41 CONECT   16   17   18                                                           
     41CONECT   16   18   17                                                           
    4242CONECT   17   16                                                               
    4343CONECT   18   16                                                               
    44 CONECT   19   20   21                                                           
     44CONECT   19   21   20                                                           
    4545CONECT   20   19                                                               
    4646CONECT   21   19                                                               
    47 CONECT   22   23   24                                                           
     47CONECT   22   24   23                                                           
    4848CONECT   23   22                                                               
    4949CONECT   24   22                                                               
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.