Ignore:
Timestamp:
Dec 14, 2012, 5:39:30 PM (12 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
5251af
Parents:
8b886f
git-author:
Frederik Heber <heber@…> (10/05/12 07:59:22)
git-committer:
Frederik Heber <heber@…> (12/14/12 17:39:30)
Message:

Rewrote VerletIntegrationAction to diminish dependence on ForceMatrix.

  • atom::VelocityVerletUpdate() now works on the forces stored in AtomicForces.
  • ThermoStatContainer::getActive() getter for the currently active thermostat.
  • VerletForceIntegration::operator() split up into several smaller functions.
Location:
tests/regression/Molecules/VerletIntegration
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • tests/regression/Molecules/VerletIntegration/post/test.conf

    r8b886f r4882d5  
    7171Ion_Type2       3       6       1.0     3       3       12.01100000000  Carbon  C
    7272#Ion_TypeNr._Nr.R[0]    R[1]    R[2]    MoveType (0 MoveIon, 1 FixedIon)
    73 Ion_Type1_1     9.782085945     2.645886050     2.645886050     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 0
    74 Ion_Type1_2     9.782085945     2.645886050     4.425886024     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 1
    75 Ion_Type1_3     10.672039608    3.904536878     3.535886037     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 2
    76 Ion_Type1_4     8.532785963     4.787886018     2.645886050     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 3
    77 Ion_Type1_5     8.532785963     4.787886018     4.425886024     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 4
    78 Ion_Type1_6     6.393632318     3.904536877     3.535886037     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 5
    79 Ion_Type1_7     7.283585982     2.645886050     2.645886050     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 6
    80 Ion_Type1_8     7.283585982     2.645886050     4.425886024     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 7
    81 Ion_Type2_1     9.782085945     3.275186040     3.535886037     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 8
    82 Ion_Type2_2     8.532785963     4.158586027     3.535886037     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 9
    83 Ion_Type2_3     7.283585982     3.275186040     3.535886037     0       9.980023e-02    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 10
     73Ion_Type1_1     9.782085945     2.645886050     2.645886050     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 0
     74Ion_Type1_2     9.782085945     2.645886050     4.425886024     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 1
     75Ion_Type1_3     10.672039608    3.904536878     3.535886037     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 2
     76Ion_Type1_4     8.532785963     4.787886018     2.645886050     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 3
     77Ion_Type1_5     8.532785963     4.787886018     4.425886024     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 4
     78Ion_Type1_6     6.393632318     3.904536877     3.535886037     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 5
     79Ion_Type1_7     7.283585982     2.645886050     2.645886050     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 6
     80Ion_Type1_8     7.283585982     2.645886050     4.425886024     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 7
     81Ion_Type2_1     9.782085945     3.275186040     3.535886037     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 8
     82Ion_Type2_2     8.532785963     4.158586027     3.535886037     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 9
     83Ion_Type2_3     7.283585982     3.275186040     3.535886037     0       1.000000e-01    0.000000e+00    0.000000e+00     # molecule nr 10
    8484
    85 Ion_Type1_1     9.783080985     2.645881090     2.645886050     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 0
    86 Ion_Type1_2     9.783080985     2.645881090     4.425886024     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 1
    87 Ion_Type1_3     10.673034648    3.904531918     3.535886037     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 2
    88 Ion_Type1_4     8.533781003     4.787881058     2.645886050     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 3
    89 Ion_Type1_5     8.533781003     4.787881058     4.425886024     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 4
    90 Ion_Type1_6     6.394627358     3.904531917     3.535886037     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 5
    91 Ion_Type1_7     7.284581022     2.645881090     2.645886050     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 6
    92 Ion_Type1_8     7.284581022     2.645881090     4.425886024     0       9.900794e-02    -9.920635e-04   0.000000e+00     # molecule nr 7
    93 Ion_Type2_1     9.783085529     3.275185624     3.535886037     0       9.991674e-02    -8.325701e-05   0.000000e+00     # molecule nr 8
    94 Ion_Type2_2     8.533785547     4.158585611     3.535886037     0       9.991674e-02    -8.325701e-05   0.000000e+00     # molecule nr 9
    95 Ion_Type2_3     7.284585566     3.275185624     3.535886037     0       9.991674e-02    -8.325701e-05   0.000000e+00     # molecule nr 10
     85Ion_Type1_1     9.783090905     2.645891010     2.645886050     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 0
     86Ion_Type1_2     9.783090905     2.645891010     4.425886024     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 1
     87Ion_Type1_3     10.673044568    3.904541838     3.535886037     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 2
     88Ion_Type1_4     8.533790923     4.787890978     2.645886050     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 3
     89Ion_Type1_5     8.533790923     4.787890978     4.425886024     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 4
     90Ion_Type1_6     6.394637278     3.904541837     3.535886037     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 5
     91Ion_Type1_7     7.284590942     2.645891010     2.645886050     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 6
     92Ion_Type1_8     7.284590942     2.645891010     4.425886024     0       1.002953e-01    4.950408e-04    0.000000e+00     # molecule nr 7
     93Ion_Type2_1     9.783086361     3.275186456     3.535886037     0       9.984178e-02    4.154535e-05    0.000000e+00     # molecule nr 8
     94Ion_Type2_2     8.533786379     4.158586443     3.535886037     0       9.984178e-02    4.154535e-05    0.000000e+00     # molecule nr 9
     95Ion_Type2_3     7.284586398     3.275186456     3.535886037     0       9.984178e-02    4.154535e-05    0.000000e+00     # molecule nr 10

  • tests/regression/Molecules/VerletIntegration/testsuite-molecules-verlet-integration.at

    r8b886f r4882d5  
    2525AT_CHECK([/bin/cp -f ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Molecules/VerletIntegration/pre/test.forces .], 0)
    2626AT_CHECK([chmod u+w $file], 0)
    27 AT_CHECK([../../molecuilder -i $file  --select-all-atoms -P test.forces --MDSteps 1 --deltat 0.01 --keep-fixed-CenterOfMass 0], 0, [stdout], [stderr])
     27AT_CHECK([../../molecuilder -i $file --select-all-atoms --verlet-integration --forces-file test.forces --MDSteps 1 --deltat 0.01 --keep-fixed-CenterOfMass 0], 0, [stdout], [stderr])
    2828AT_CHECK([diff $file ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Molecules/VerletIntegration/post/test.conf], 0, [ignore], [ignore])
    2929
    … …  
    3939AT_CHECK([/bin/cp -f ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Molecules/VerletIntegration/pre/test.forces .], 0)
    4040AT_CHECK([chmod u+w $file], 0)
    41 AT_CHECK([../../molecuilder -i $file  --select-all-atoms -P test.forces --MDSteps 1 --deltat 0.01 --keep-fixed-CenterOfMass 0 --undo], 0, [stdout], [stderr])
     41AT_CHECK([../../molecuilder -i $file --select-all-atoms --verlet-integration --forces-file test.forces --MDSteps 1 --deltat 0.01 --keep-fixed-CenterOfMass 0 --undo], 0, [stdout], [stderr])
    4242AT_CHECK([diff $file ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Molecules/VerletIntegration/post/test.conf], 0, [ignore], [ignore])
    4343
    … …  
    5353AT_CHECK([/bin/cp -f ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Molecules/VerletIntegration/pre/test.forces .], 0)
    5454AT_CHECK([chmod u+w $file], 0)
    55 AT_CHECK([../../molecuilder -i $file  --select-all-atoms -P test.forces --MDSteps 1 --deltat 0.01 --keep-fixed-CenterOfMass 0 --undo --redo], 0, [stdout], [stderr])
     55AT_CHECK([../../molecuilder -i $file --select-all-atoms --verlet-integration --forces-file test.forces --MDSteps 1 --deltat 0.01 --keep-fixed-CenterOfMass 0 --undo --redo], 0, [stdout], [stderr])
    5656AT_CHECK([diff $file ${abs_top_srcdir}/tests/regression/Molecules/VerletIntegration/post/test.conf], 0, [ignore], [ignore])
    5757
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.