Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2012, 3:55:48 PM (13 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
259887
Parents:
3d0892
git-author:
Frederik Heber <heber@…> (03/27/12 12:37:05)
git-committer:
Frederik Heber <heber@…> (04/05/12 15:55:48)
Message:

Added AtomInfo::charge along with getter and setter.

Location:
tests/regression/Molecules/CreateMicelle/pre
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • tests/regression/Molecules/CreateMicelle/pre/tensid.data

    r3d0892 r2034f3  
    11# ATOMDATA      Id      name    resName chainID x=3     type    neighbors=4     charge
    22# Box   20      0       0       0       20      0       0       0       20
    3 1       NA      SLES    1       32.397  35.231  26.737  NA      0       0       0       0       1.000000e+00   
    4 2       S       SLES    1       31.282  33.88   29.208  SL      3       4       5       6       1.330000e+00   
    5 3       OS1     SLES    1       30.788  33.072  28.08   OSL     2       7       0       0       -2.800000e-01   
    6 4       OS2     SLES    1       30.674  35.071  28.658  O2L     2       0       0       0       -6.500000e-01   
    7 5       OS3     SLES    1       32.652  33.652  28.81   O2L     2       0       0       0       -6.500000e-01   
    8 6       OS4     SLES    1       30.761  33.284  30.406  O2L     2       0       0       0       -6.500000e-01   
    9 7       C2      SLES    1       30.018  31.938  28.128  CC32A   3       8       9       10      -1.100000e-01   
    10 8       H2A     SLES    1       29.033  32.147  28.623  HCA2    7       0       0       0       9.000000e-02   
    11 9       H2B     SLES    1       30.55   31.115  28.675  HCA2    7       0       0       0       9.000000e-02   
    12 10      C1      SLES    1       29.84   31.605  26.631  CC32A   7       11      12      13      -1.000000e-02   
    13 11      H1B     SLES    1       29.337  32.448  26.09   HCA2    10      0       0       0       9.000000e-02   
    14 12      H1A     SLES    1       30.828  31.408  26.147  HCA2    10      0       0       0       9.000000e-02   
    15 13      O1      SLES    1       29.087  30.49   26.279  OC30A   10      14      0       0       -3.400000e-01   
    16 14      C2      SLES    1       28.503  29.727  27.319  CC32A   13      15      16      17      -1.000000e-02   
    17 15      H2A     SLES    1       27.804  30.366  27.931  HCA2    14      0       0       0       9.000000e-02   
    18 16      H2B     SLES    1       29.281  29.306  27.998  HCA2    14      0       0       0       9.000000e-02   
    19 17      C1      SLES    1       27.786  28.897  26.193  CC32A   14      18      19      20      -1.000000e-02   
    20 18      H1B     SLES    1       26.806  29.197  26.587  HCA2    17      0       0       0       9.000000e-02   
    21 19      H1A     SLES    1       28.461  28.076  26.632  HCA2    17      0       0       0       9.000000e-02   
    22 20      O1      SLES    1       27.309  27.793  25.468  OC30A   17      21      0       0       -3.400000e-01   
    23 21      C1      SLES    1       26.479  26.857  26.141  CTL2    20      22      23      24      -1.800000e-01   
    24 22      H11     SLES    1       25.639  27.291  26.752  HAL2    21      0       0       0       9.000000e-02   
    25 23      H12     SLES    1       27.089  26.219  26.829  HAL2    21      0       0       0       9.000000e-02   
    26 24      C2      SLES    1       25.959  26.079  24.933  CTL2    21      25      26      27      -1.800000e-01   
    27 25      H21     SLES    1       25.299  26.683  24.265  HAL2    24      0       0       0       9.000000e-02   
    28 26      H22     SLES    1       26.775  25.623  24.321  HAL2    24      0       0       0       9.000000e-02   
    29 27      C3      SLES    1       25.166  25      25.552  CTL2    24      28      29      30      -1.800000e-01   
    30 28      H31     SLES    1       24.374  25.53   26.148  HAL2    27      0       0       0       9.000000e-02   
    31 29      H32     SLES    1       25.893  24.446  26.208  HAL2    27      0       0       0       9.000000e-02   
    32 30      C4      SLES    1       24.47   23.973  24.719  CTL2    27      31      32      33      -1.800000e-01   
    33 31      H41     SLES    1       23.721  24.443  24.035  HAL2    30      0       0       0       9.000000e-02   
    34 32      H42     SLES    1       25.193  23.397  24.095  HAL2    30      0       0       0       9.000000e-02   
    35 33      C5      SLES    1       23.845  23.159  25.86   CTL2    30      34      35      36      -1.800000e-01   
    36 34      H51     SLES    1       23.187  23.811  26.494  HAL2    33      0       0       0       9.000000e-02   
    37 35      H52     SLES    1       24.641  22.777  26.552  HAL2    33      0       0       0       9.000000e-02   
    38 36      C6      SLES    1       23.033  21.996  25.484  CTL2    33      37      38      39      -1.800000e-01   
    39 37      H61     SLES    1       22.025  22.151  25.956  HAL2    36      0       0       0       9.000000e-02   
    40 38      H62     SLES    1       23.483  21.114  26.014  HAL2    36      0       0       0       9.000000e-02   
    41 39      C7      SLES    1       22.888  21.707  23.985  CTL2    36      40      41      42      -1.800000e-01   
    42 40      H71     SLES    1       22.373  22.516  23.415  HAL2    39      0       0       0       9.000000e-02   
    43 41      H72     SLES    1       23.849  21.466  23.474  HAL2    39      0       0       0       9.000000e-02   
    44 42      C8      SLES    1       22.025  20.5    24.062  CTL2    39      43      44      45      -1.800000e-01   
    45 43      H81     SLES    1       21.09   20.813  24.606  HAL2    42      0       0       0       9.000000e-02   
    46 44      H82     SLES    1       22.598  19.741  24.667  HAL2    42      0       0       0       9.000000e-02   
    47 45      C9      SLES    1       21.583  19.808  22.82   CTL2    42      46      47      48      -1.800000e-01   
    48 46      H91     SLES    1       20.987  20.501  22.185  HAL2    45      0       0       0       9.000000e-02   
    49 47      H92     SLES    1       22.466  19.449  22.245  HAL2    45      0       0       0       9.000000e-02   
    50 48      C10     SLES    1       20.753  18.675  23.42   CTL2    45      49      50      51      -1.800000e-01   
    51 49      H10     SLES    1       19.924  19.1    24.048  HAL2    48      0       0       0       9.000000e-02   
    52 50      H10     SLES    1       21.392  18.056  24.107  HAL2    48      0       0       0       9.000000e-02   
    53 51      C11     SLES    1       20.134  17.748  22.425  CTL2    48      52      53      54      -1.800000e-01   
    54 52      H11     SLES    1       19.484  18.362  21.759  HAL2    51      0       0       0       9.000000e-02   
    55 53      H11     SLES    1       20.961  17.312  21.818  HAL2    51      0       0       0       9.000000e-02   
    56 54      C12     SLES    1       19.337  16.67   23.165  CTL3    51      55      56      57      -2.700000e-01   
    57 55      H12     SLES    1       18.268  16.727  22.882  HAL3    54      0       0       0       9.000000e-02   
    58 56      H12     SLES    1       19.755  15.669  22.942  HAL3    54      0       0       0       9.000000e-02   
    59 57      H12     SLES    1       19.381  16.794  24.275  HAL3    54      0       0       0       9.000000e-02   
     31       NA      SLES    1       32.397  35.231  26.737  NA      0       0       0       0       1       
     42       S       SLES    1       31.282  33.88   29.208  SL      3       4       5       6       1.33   
     53       OS1     SLES    1       30.788  33.072  28.08   OSL     2       7       0       0       -0.28   
     64       OS2     SLES    1       30.674  35.071  28.658  O2L     2       0       0       0       -0.65   
     75       OS3     SLES    1       32.652  33.652  28.81   O2L     2       0       0       0       -0.65   
     86       OS4     SLES    1       30.761  33.284  30.406  O2L     2       0       0       0       -0.65   
     97       C2      SLES    1       30.018  31.938  28.128  CC32A   3       8       9       10      -0.11   
     108       H2A     SLES    1       29.033  32.147  28.623  HCA2    7       0       0       0       0.09   
     119       H2B     SLES    1       30.55   31.115  28.675  HCA2    7       0       0       0       0.09   
     1210      C1      SLES    1       29.84   31.605  26.631  CC32A   7       11      12      13      -0.01   
     1311      H1B     SLES    1       29.337  32.448  26.09   HCA2    10      0       0       0       0.09   
     1412      H1A     SLES    1       30.828  31.408  26.147  HCA2    10      0       0       0       0.09   
     1513      O1      SLES    1       29.087  30.49   26.279  OC30A   10      14      0       0       -0.34   
     1614      C2      SLES    1       28.503  29.727  27.319  CC32A   13      15      16      17      -0.01   
     1715      H2A     SLES    1       27.804  30.366  27.931  HCA2    14      0       0       0       0.09   
     1816      H2B     SLES    1       29.281  29.306  27.998  HCA2    14      0       0       0       0.09   
     1917      C1      SLES    1       27.786  28.897  26.193  CC32A   14      18      19      20      -0.01   
     2018      H1B     SLES    1       26.806  29.197  26.587  HCA2    17      0       0       0       0.09   
     2119      H1A     SLES    1       28.461  28.076  26.632  HCA2    17      0       0       0       0.09   
     2220      O1      SLES    1       27.309  27.793  25.468  OC30A   17      21      0       0       -0.34   
     2321      C1      SLES    1       26.479  26.857  26.141  CTL2    20      22      23      24      -0.18   
     2422      H11     SLES    1       25.639  27.291  26.752  HAL2    21      0       0       0       0.09   
     2523      H12     SLES    1       27.089  26.219  26.829  HAL2    21      0       0       0       0.09   
     2624      C2      SLES    1       25.959  26.079  24.933  CTL2    21      25      26      27      -0.18   
     2725      H21     SLES    1       25.299  26.683  24.265  HAL2    24      0       0       0       0.09   
     2826      H22     SLES    1       26.775  25.623  24.321  HAL2    24      0       0       0       0.09   
     2927      C3      SLES    1       25.166  25      25.552  CTL2    24      28      29      30      -0.18   
     3028      H31     SLES    1       24.374  25.53   26.148  HAL2    27      0       0       0       0.09   
     3129      H32     SLES    1       25.893  24.446  26.208  HAL2    27      0       0       0       0.09   
     3230      C4      SLES    1       24.47   23.973  24.719  CTL2    27      31      32      33      -0.18   
     3331      H41     SLES    1       23.721  24.443  24.035  HAL2    30      0       0       0       0.09   
     3432      H42     SLES    1       25.193  23.397  24.095  HAL2    30      0       0       0       0.09   
     3533      C5      SLES    1       23.845  23.159  25.86   CTL2    30      34      35      36      -0.18   
     3634      H51     SLES    1       23.187  23.811  26.494  HAL2    33      0       0       0       0.09   
     3735      H52     SLES    1       24.641  22.777  26.552  HAL2    33      0       0       0       0.09   
     3836      C6      SLES    1       23.033  21.996  25.484  CTL2    33      37      38      39      -0.18   
     3937      H61     SLES    1       22.025  22.151  25.956  HAL2    36      0       0       0       0.09   
     4038      H62     SLES    1       23.483  21.114  26.014  HAL2    36      0       0       0       0.09   
     4139      C7      SLES    1       22.888  21.707  23.985  CTL2    36      40      41      42      -0.18   
     4240      H71     SLES    1       22.373  22.516  23.415  HAL2    39      0       0       0       0.09   
     4341      H72     SLES    1       23.849  21.466  23.474  HAL2    39      0       0       0       0.09   
     4442      C8      SLES    1       22.025  20.5    24.062  CTL2    39      43      44      45      -0.18   
     4543      H81     SLES    1       21.09   20.813  24.606  HAL2    42      0       0       0       0.09   
     4644      H82     SLES    1       22.598  19.741  24.667  HAL2    42      0       0       0       0.09   
     4745      C9      SLES    1       21.583  19.808  22.82   CTL2    42      46      47      48      -0.18   
     4846      H91     SLES    1       20.987  20.501  22.185  HAL2    45      0       0       0       0.09   
     4947      H92     SLES    1       22.466  19.449  22.245  HAL2    45      0       0       0       0.09   
     5048      C10     SLES    1       20.753  18.675  23.42   CTL2    45      49      50      51      -0.18   
     5149      H10     SLES    1       19.924  19.1    24.048  HAL2    48      0       0       0       0.09   
     5250      H10     SLES    1       21.392  18.056  24.107  HAL2    48      0       0       0       0.09   
     5351      C11     SLES    1       20.134  17.748  22.425  CTL2    48      52      53      54      -0.18   
     5452      H11     SLES    1       19.484  18.362  21.759  HAL2    51      0       0       0       0.09   
     5553      H11     SLES    1       20.961  17.312  21.818  HAL2    51      0       0       0       0.09   
     5654      C12     SLES    1       19.337  16.67   23.165  CTL3    51      55      56      57      -0.27   
     5755      H12     SLES    1       18.268  16.727  22.882  HAL3    54      0       0       0       0.09   
     5856      H12     SLES    1       19.755  15.669  22.942  HAL3    54      0       0       0       0.09   
     5957      H12     SLES    1       19.381  16.794  24.275  HAL3    54      0       0       0       0.09   
  • tests/regression/Molecules/CreateMicelle/pre/tensid.potentials

    r3d0892 r2034f3  
    1010        particle:       particle_type=CC326A,   element_name=C, sigma=4.02,     epsilon=0.056,  sigma14=3.8,    epsilon14=0.01, mass=12.011,    free=3, charge=0;
    1111        particle:       particle_type=CC33A,    element_name=C, sigma=4.08,     epsilon=0.078,  sigma14=3.8,    epsilon14=0.01, mass=12.011,    free=3, charge=0;
    12         particle:       particle_type=NE,       element_name=NE,        sigma=3.06,     epsilon=0.086,  sigma14=3.06,   epsilon14=0.086,        mass=20.1797,   free=3, charge=0;
    13         particle:       particle_type=CLA,      element_name=CL,        sigma=4.54,     epsilon=0.15,   sigma14=4.54,   epsilon14=0.15, mass=35.45,     free=3, charge=0;
     12        particle:       particle_type=NE,       element_name=Ne,        sigma=3.06,     epsilon=0.086,  sigma14=3.06,   epsilon14=0.086,        mass=20.1797,   free=3, charge=0;
     13        particle:       particle_type=CLA,      element_name=Cl,        sigma=4.54,     epsilon=0.15,   sigma14=4.54,   epsilon14=0.15, mass=35.45,     free=3, charge=0;
    1414        particle:       particle_type=DUM,      element_name=H, sigma=0,        epsilon=0,      sigma14=0,      epsilon14=0,    mass=0, free=3, charge=0;
    1515        particle:       particle_type=NA,       element_name=Na,        sigma=2.7275,   epsilon=0.0469, sigma14=2.7275, epsilon14=0.0469,       mass=22.98977,  free=3, charge=0;
     
    2424        particle:       particle_type=HAL1,     element_name=H, sigma=2.64,     epsilon=0.022,  sigma14=2.64,   epsilon14=0.022,        mass=1.008,     free=3, charge=0;
    2525        particle:       particle_type=HEL2,     element_name=H, sigma=2.52,     epsilon=0.026,  sigma14=2.52,   epsilon14=0.026,        mass=1.008,     free=3, charge=0;
    26         particle:       particle_type=HE,       element_name=HE,        sigma=2.96,     epsilon=0.02127,        sigma14=2.96,   epsilon14=0.02127,      mass=4.0026,    free=3, charge=0;
     26        particle:       particle_type=HE,       element_name=He,        sigma=2.96,     epsilon=0.02127,        sigma14=2.96,   epsilon14=0.02127,      mass=4.0026,    free=3, charge=0;
    2727        particle:       particle_type=HCA3,     element_name=H, sigma=2.68,     epsilon=0.024,  sigma14=2.68,   epsilon14=0.024,        mass=1.008,     free=3, charge=0;
    2828        particle:       particle_type=OHL,      element_name=O, sigma=3.54,     epsilon=0.1521, sigma14=3.54,   epsilon14=0.1521,       mass=15.9994,   free=3, charge=0;
     
    3535        particle:       particle_type=HAL2,     element_name=H, sigma=2.68,     epsilon=0.028,  sigma14=2.68,   epsilon14=0.028,        mass=1.008,     free=3, charge=0;
    3636        particle:       particle_type=OCL,      element_name=O, sigma=3.4,      epsilon=0.12,   sigma14=3.4,    epsilon14=0.12, mass=15.9994,   free=3, charge=0;
    37         particle:       particle_type=MG,       element_name=MG,        sigma=2.37,     epsilon=0.015,  sigma14=2.37,   epsilon14=0.015,        mass=24.305,    free=3, charge=0;
     37        particle:       particle_type=MG,       element_name=Mg,        sigma=2.37,     epsilon=0.015,  sigma14=2.37,   epsilon14=0.015,        mass=24.305,    free=3, charge=0;
    3838        particle:       particle_type=OC30A,    element_name=O, sigma=3.3,      epsilon=0.1,    sigma14=3.3,    epsilon14=0.1,  mass=15.9994,   free=3, charge=0;
    3939        particle:       particle_type=HAL3,     element_name=H, sigma=2.68,     epsilon=0.024,  sigma14=2.68,   epsilon14=0.024,        mass=1.008,     free=3, charge=0;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.