| 1 | /*
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| 2 |  * MoleculeDescriptor.cpp
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|---|
| 3 |  *
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|---|
| 4 |  *  Created on: Feb 5, 2010
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|---|
| 5 |  *      Author: crueger
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| 6 |  */
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| 7 | 
 | 
|---|
| 8 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp"
 | 
|---|
| 9 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor_impl.hpp"
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|---|
| 10 | 
 | 
|---|
| 11 | #include "World.hpp"
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|---|
| 12 | 
 | 
|---|
| 13 | #include "molecule.hpp"
 | 
|---|
| 14 | 
 | 
|---|
| 15 | #include <boost/bind.hpp>
 | 
|---|
| 16 | #include <cassert>
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|---|
| 17 | #include <iostream>
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|---|
| 18 | 
 | 
|---|
| 19 | using namespace std;
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|---|
| 20 | 
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|---|
| 21 | typedef World::MoleculeSet::iterator molecules_iter_t;
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|---|
| 22 | 
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|---|
| 23 | /************************ Forwarding object **************************************/
 | 
|---|
| 24 | 
 | 
|---|
| 25 | 
 | 
|---|
| 26 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(impl_ptr _impl) :
 | 
|---|
| 27 |     impl(_impl)
 | 
|---|
| 28 | {}
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|---|
| 29 | 
 | 
|---|
| 30 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(const MoleculeDescriptor& src) :
 | 
|---|
| 31 |     impl(src.get_impl())
 | 
|---|
| 32 | {}
 | 
|---|
| 33 | 
 | 
|---|
| 34 | MoleculeDescriptor::~MoleculeDescriptor()
 | 
|---|
| 35 | {}
 | 
|---|
| 36 | 
 | 
|---|
| 37 | MoleculeDescriptor& MoleculeDescriptor::operator=(MoleculeDescriptor &src){
 | 
|---|
| 38 |   if(&src!=this) {
 | 
|---|
| 39 |     impl=src.get_impl();
 | 
|---|
| 40 |   }
 | 
|---|
| 41 |   return *this;
 | 
|---|
| 42 | }
 | 
|---|
| 43 | 
 | 
|---|
| 44 | molecule* MoleculeDescriptor::find(){
 | 
|---|
| 45 |   return impl->find();
 | 
|---|
| 46 | }
 | 
|---|
| 47 | 
 | 
|---|
| 48 | std::vector<molecule*> MoleculeDescriptor::findAll(){
 | 
|---|
| 49 |   return impl->findAll();
 | 
|---|
| 50 | }
 | 
|---|
| 51 | 
 | 
|---|
| 52 | MoleculeDescriptor::impl_ptr MoleculeDescriptor::get_impl() const{
 | 
|---|
| 53 |   return impl;
 | 
|---|
| 54 | }
 | 
|---|
| 55 | 
 | 
|---|
| 56 | 
 | 
|---|
| 57 | 
 | 
|---|
| 58 | 
 | 
|---|
| 59 | /**************************** implementation ********************/
 | 
|---|
| 60 | 
 | 
|---|
| 61 | MoleculeDescriptor_impl::MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 62 | {
 | 
|---|
| 63 | }
 | 
|---|
| 64 | 
 | 
|---|
| 65 | MoleculeDescriptor_impl::~MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 66 | {
 | 
|---|
| 67 | }
 | 
|---|
| 68 | 
 | 
|---|
| 69 | World::MoleculeSet& MoleculeDescriptor_impl::getMolecules(){
 | 
|---|
| 70 |   return World::get()->molecules;
 | 
|---|
| 71 | }
 | 
|---|
| 72 | 
 | 
|---|
| 73 | molecule* MoleculeDescriptor_impl::find() {
 | 
|---|
| 74 |   World::MoleculeSet molecules = getMolecules();
 | 
|---|
| 75 |   molecules_iter_t res = find_if(molecules.begin(),molecules.end(),boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::predicate,this,_1));
 | 
|---|
| 76 |   return (res!=molecules.end())?((*res).second):0;
 | 
|---|
| 77 | }
 | 
|---|
| 78 | 
 | 
|---|
| 79 | vector<molecule*> MoleculeDescriptor_impl::findAll() {
 | 
|---|
| 80 |   vector<molecule*> res;
 | 
|---|
| 81 |   World::MoleculeSet molecules = getMolecules();
 | 
|---|
| 82 |   molecules_iter_t iter;
 | 
|---|
| 83 |   for(iter=molecules.begin();iter!=molecules.end();++iter) {
 | 
|---|
| 84 |     if(predicate(*iter)){
 | 
|---|
| 85 |       res.push_back((*iter).second);
 | 
|---|
| 86 |     }
 | 
|---|
| 87 |   }
 | 
|---|
| 88 |   return res;
 | 
|---|
| 89 | }
 | 
|---|
| 90 | 
 | 
|---|
| 91 | /************************** Universe and Emptyset *****************/
 | 
|---|
| 92 | 
 | 
|---|
| 93 | MoleculeAllDescriptor_impl::MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 94 | {}
 | 
|---|
| 95 | 
 | 
|---|
| 96 | MoleculeAllDescriptor_impl::~MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 97 | {}
 | 
|---|
| 98 | 
 | 
|---|
| 99 | bool MoleculeAllDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
| 100 |   return true;
 | 
|---|
| 101 | }
 | 
|---|
| 102 | 
 | 
|---|
| 103 | MoleculeDescriptor AllMolecules(){
 | 
|---|
| 104 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAllDescriptor_impl));
 | 
|---|
| 105 | }
 | 
|---|
| 106 | 
 | 
|---|
| 107 | MoleculeNoneDescriptor_impl::MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 108 | {}
 | 
|---|
| 109 | 
 | 
|---|
| 110 | MoleculeNoneDescriptor_impl::~MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 111 | {}
 | 
|---|
| 112 | 
 | 
|---|
| 113 | bool MoleculeNoneDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
| 114 |   return false;
 | 
|---|
| 115 | }
 | 
|---|
| 116 | 
 | 
|---|
| 117 | MoleculeDescriptor NoMolecules(){
 | 
|---|
| 118 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNoneDescriptor_impl));
 | 
|---|
| 119 | }
 | 
|---|
| 120 | 
 | 
|---|
| 121 | /************************** Operator stuff ************************/
 | 
|---|
| 122 | 
 | 
|---|
| 123 | // AND
 | 
|---|
| 124 | MoleculeAndDescriptor_impl::MoleculeAndDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs, MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
| 125 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
| 126 | {}
 | 
|---|
| 127 | 
 | 
|---|
| 128 | MoleculeAndDescriptor_impl::~MoleculeAndDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 129 | {}
 | 
|---|
| 130 | 
 | 
|---|
| 131 | bool MoleculeAndDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
| 132 |   return lhs->predicate(molecule) && rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
| 133 | }
 | 
|---|
| 134 | MoleculeDescriptor operator&&(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
| 135 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAndDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
| 136 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
| 137 | }
 | 
|---|
| 138 | 
 | 
|---|
| 139 | // OR
 | 
|---|
| 140 | MoleculeOrDescriptor_impl::MoleculeOrDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs ,MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
| 141 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
| 142 | {}
 | 
|---|
| 143 | 
 | 
|---|
| 144 | MoleculeOrDescriptor_impl::~MoleculeOrDescriptor_impl(){
 | 
|---|
| 145 | }
 | 
|---|
| 146 | 
 | 
|---|
| 147 | bool MoleculeOrDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
| 148 |   return lhs->predicate(molecule) || rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
| 149 | }
 | 
|---|
| 150 | 
 | 
|---|
| 151 | MoleculeDescriptor  operator||(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
| 152 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeOrDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
| 153 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
| 154 | }
 | 
|---|
| 155 | 
 | 
|---|
| 156 | // NOT
 | 
|---|
| 157 | 
 | 
|---|
| 158 | MoleculeNotDescriptor_impl::MoleculeNotDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _arg) :
 | 
|---|
| 159 |     arg(_arg)
 | 
|---|
| 160 | {}
 | 
|---|
| 161 | 
 | 
|---|
| 162 | 
 | 
|---|
| 163 | MoleculeNotDescriptor_impl::~MoleculeNotDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 164 | {
 | 
|---|
| 165 | }
 | 
|---|
| 166 | 
 | 
|---|
| 167 | bool MoleculeNotDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
| 168 |  return !(arg->predicate(molecule));
 | 
|---|
| 169 | }
 | 
|---|
| 170 | 
 | 
|---|
| 171 | MoleculeDescriptor operator!(const MoleculeDescriptor &arg){
 | 
|---|
| 172 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNotDescriptor_impl(arg.get_impl()));
 | 
|---|
| 173 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
| 174 | }
 | 
|---|